Visi AHS Universitas Indonesia, meliputi:

Inovasi akademik melalui kolaborasi pelayanan kesehatan yang unggul untuk individu dan komunitas. (Academic innovation through collaborative outstanding health care for individual and communities).

Misi AHS Universitas Indonesia, meliputi:

1. Menerapkan pelayanan kesehatan unggulan melalui inovasi berbasis bukti
2. Menyelenggarakan pendidikan kedokteran dan kesehatan yang mutakhir dengan menjunjung tinggi etika dan moral
3. Melaksanakan penelitian yang inovatif untuk meningkatkan penguasaan ilmu pengetahuan dan teknologi kedokteran dalam pelayanan kesehatan
4. Menyelenggarakan tata kelola yang baik bagi smua anggota Academic Health System serta membina fasilitas kesehatan lainnya
5. Mendukung dan memberikan masukan untuk perumusan kebijakan kepada pemerintah

Tujuan umum dari AHS Universitas Indonesia, meliputi:

1. Menyediakan pendidikan yang bermutu untuk menghasilkan tenaga kesehatan yang profesional.
2. Menerapkan Tridharma Perguruan Tinggi yang meningkatkan temuan riset secara khusus terkait kedokteran, kedokteran gigi, keperawatan, farmasi, dan kesehatan masyarakat, serta memperluas pengabdian kepada masyarakat melalui upaya pelayanan kesehatan kepada masyarakat.
3. Meningkatkan kemitraan dengan fasilitas kesehatan lain guna memperkuat sistem pelayanan kesehatan baik di tingkat lokal maupun di tingkat nasional.

Tujuan khusus AHS Universitas Indonesia meliputi:

1. Terwujudnya keselarasan antara pelayanan dan pendidikan kedokteran dengan sistem pelayanan yang berjenjang dan berkelanjutan
2. Terwujudnya pengembangan tata kelola, organisasi, dan sistem manajemen yang kokoh untuk menyatukan tujuan, transparan, dan akuntabel dalam menilai performa kinerja internal maupun eksternal
3. Terwujudnya AHS yang dapat tumbuh dan berkembang melalui kepemimpinan, struktur yang menunjang pengembangan klinis, keterlibatan dalam pelayanan komunitas, keselarasan penganggaran keuangan dan menghasilkan produk industri yang aplikatif (siap pakai).
4. Terwujudnya peningkatan peran dan tanggung jawab kepala departemen, staf klinik dan perubahan struktur yang dirancang terutama agar pimpinan organisasi membimbing klinisi menuju era baru.
5. Terwujudnya hasil pelayanan yang dapat dipertanggungjawabkan melalui diketahuinya mutu luaran klinis dan kinerja finansial antara rumah sakit pendidikan yang tergabung dalam AHS oleh pasien dan kostumer.
6. Terwujudnya persaingan sehat dan misi jangka panjang yang membutuhkan perubahan besar dalam perhitungan biaya dan performa mutu.
7. Terwujudnya aktivitas kesehatan masyarakat milik AHS UI dengan segera.
8. Terwujudnya penilaian kekuatan dan kelemahan yang diperlukan untuk berubah serta pembangunan kultur organisasi yang baru oleh AHS.